По умолчанию в Linux Mint 18.x Cinnamon, в теме рабочего стола системная панель чёрная и непрозрачная. В настройках панели отсутствует параметр прозрачности панели. Но в Linux файловая система открыта для пользовательских и административных изменений, где в конфигурационных файлах можно сделать необходимые изменения.
То что не предусмотрели разработчики, мы постараемся сделать сами.

       
  Откройте на редактирование файл cinnamon.css темы по умолчанию  Рабочий стол - Linux Mint с правами администратора, следующей командой в терминале:

sudo xed /usr/share/themes/Linux\ Mint/cinnamon/cinnamon.css

  Когда откроется текстовый редактор с файлом cinnamon.css, нажмите сочетание клавиш Ctrl+F, в окне поиска скопируйте/вставьте #panel, нажмите Enter и в конце этого раздела (panel), добавьте строку (скопируйте/вставьте): background-color: rgba(175,175,175,0.05);
 
Сохраните текущий файл и закройте редактор.

Чтобы изменения вступили в силу, необходимо перезапустить Cinnamon. Нажмите сочетание клавиш Alt+F2, введите латинскую r и нажмите Enter. 

 
Теперь системная панель Cinnamon должна быть прозрачной.

Примечание. Если вы используете другую тему рабочего стола, т.е. не Linux Mint, измените в команде на открытие файла cinnamon.css название темы, которое выделено красным, иначе изменения не применятся.
 
Удачи.