У док-панели Plank есть один распространённый баг, а именно, Plank считает, что у некоторых приложений, таких, например, как Google Chrome еще нет ярлыка на панели и при его запуске добавляет на панель дополнительный значок, помечая его активным. Получается два значка одного приложения Google Chrome на панели. С другими док-панелями такой проблемы нет.

 
Я нашёл информацию об этом баге на Launchpad: https://bugs.launchpad.net/plank/+bug/1185912, но проблема до сих пор не решена.

Чтобы исправить/удалить дублируюший значок с панели Plank, необходимо выполнить следующее:

1. Закройте приложение Google Chrome и открепите (удалите) его значок с панели Plank.

2. Скопируйте и выполните следующую команду в терминале:

sudo cp -a /usr/share/applications/google-chrome.desktop /usr/share/applications/google-chrome-stable.desktop; google-chrome-stable

3. Откройте приложение Google Chrome и закрепите его значок на панели.

Вот и всё. Теперь на панели должен отображаться только один значок Google Chrome при открытии приложения.

Удачи.