После установки и запуска Skype for Linux Alpha в elementary OS 0.4 "Loki", окно программы открывается, а значок в системном трее не появляется. Связано это с тем, что разработчики дистрибутива отказались от использования Ayatana, а точнее от Ayatana AppIndicator API, которое отвечало за отображение и расположение индикаторов на панели (в трее).
Для того чтобы значок Skype for Linux Alpha отбражался в системном трее после запуска программы, необходимо сделать изменения в файле skypeforlinux.desktop.
Откройте на редактирование файл skypeforlinux.desktop с правами администратора, следующей командой в терминале:
sudo scratch-text-editor /usr/share/applications/skypeforlinux.desktop
По умолчанию в файле skypeforlinux.desktop строка Exec (Exec, сокращённо от executable - исполня́емый), которая отвечает за запуск приложения, выглядит следующим образом:
Данную строку необходимо изменить, добавив пред /usr/bin/skypeforlinux (с пробелом), следующее содержание: env XDG_CURRENT_DESKTOP=Unity. У вас должно получиться как на снимке:
Сохраните файл и откройте Skype for Linux Alpha. Теперь значок должен появиться в трее.
Примечание. У меня на снимке два значка Skype, т.к. второй значок актуальной версии Skype 4.3.0.37.
Удачи.